Quando gli austro-russi ripresero il controllo della città nel 1799, il governo francese fu costretto a vendere frettolosamente la maggior parte degli arredi del palazzo e a permettere alla popolazione di saccheggiare altre stanze. Con l'incoronazione di Napoleone, nel 1805 Milano divenne capitale del Regno d'Italia, che comprendeva parte dell'Italia settentrionale fino alle Marche, e divenne la sede del nuovo governo. Il Palazzo fu ribattezzato Reale e raggiunse in questo periodo l'apice del suo splendore. Vennero riparati i danni causati dalle guerre e furono acquistati nuovi e sontuosi arredi.