Le missioni prioritarie del Federazione Europea delle Città Napoleoniche sono:

• la conservazione, la condivisione, la valorizzazione e la salvaguardia del patrimonio culturale comune di rilevanza europea legato al mito napoleonico e all'influenza del periodo napoleonico sull'Europa contemporanea;
• la sensibilizzazione del pubblico, la messa in evidenza della diversità culturale e la promozione della conoscenza reciproca della storia, delle radici e dei valori culturali comuni ai popoli europei e del loro patrimonio culturale comune;
• lo sviluppo della ricerca, l'insegnamento e la diffusione della conoscenza.

La FECN sviluppa le sue attività intorno a tre orientamenti principali:

• promuovere scambi sulla storia napoleonica organizzando incontri, colloqui e pubblicazioni in collaborazione con università, istituzioni culturali e associazioni storiche;
• promuovere e sostenere la conservazione e il restauro del patrimonio napoleonico (oggetti, opere d'arte, mobili, monumenti, siti, ecc.);
• sviluppare attività di promozione e valorizzazione del patrimonio attraverso mostre, eventi artistici e tour urbani, in particolare nell'ambito di scambi turistici, scolastici o universitari.